В дополнение к этой роли, он также возглавляет Центр челюстно-лицевой хирургии и лор-патологий ЦКБ Управления делами Президента РФ и является членом Европейского общества черепно-челюстно-лицевых хирургов. За свою карьеру Гончаков помог более 25 тысячам пациентов, в основном детям, которые родились с врождёнными расщелинами верхней губы и нёба.

По словам профессора, ежегодно в России рождается более 10 тысяч детей с врождёнными патологиями черепно-челюстно-лицевой области. Статистика показывает, что один такой случай приходится на 500 новорождённых, и, к сожалению, количество таких заболеваний растёт. Основные причины этого увеличения включают экологические проблемы, неправильное питание и вредные привычки будущих родителей.

Институт врождённых заболеваний челюстно-лицевой области предлагает уникальный комплекс медицинской помощи, который охватывает весь спектр лечения и реабилитации пациентов. В год здесь проводится не менее тысячи операций, включая современные методики, такие как остеотомия и моделирование костей черепа, а также пластические операции для коррекции внешности.

Кроме того, институт активно сотрудничает с благотворительными фондами, которые помогают покрывать часть расходов на лечение детей. Несмотря на то что лечение в институте платное, благотворительные организации, такие как "Доброе сердце" и "Национальный социальный фонд", играют важную роль в поддержке пациентов.

Геннадий Гончаков также отметил, что необходимость в расширении института становится всё более актуальной. Текущие условия работы в арендуемых помещениях не позволяют обеспечить необходимый объём медицинских услуг. В связи с этим, руководство института рассматривает возможность перевода в одно большое здание, что значительно увеличит их возможности по помощи пациентам. Для этого требуется поддержка, в том числе и со стороны государства.